ثبت‌نام در آزمون دکتری سال ۱۴۰۶ تنها تا ساعت ۲۴ امروز ادامه دارد و متقاضیان باید با مراجعه به سامانه اینترنتی سازمان سنجش آموزش کشور، مراحل ثبت‌نام خود را تکمیل کنند. این ثبت‌نام منحصراً اینترنتی است و پس از پایان مهلت اعلام‌شده، امکان تمدید یا ثبت‌نام حضوری وجود نخواهد داشت.
بر اساس ضوابط اعلام‌شده، هر متقاضی می‌تواند در یک کدرشته امتحانی ثبت‌نام کند و در آزمون مربوط شرکت نماید. داوطلبان لازم است پیش از اقدام، دفترچه راهنمای ثبت‌نام را به‌طور کامل مطالعه کنند و در صورت واجد شرایط بودن، هزینه خرید کارت اعتباری ثبت‌نام را پرداخت کنند.
تاکنون بیش از ۸۰ هزار داوطلب در آزمون دکتری ۱۴۰۶ ثبت‌نام کرده‌اند. مسئولان سازمان سنجش آموزش کشور با تأکید بر لزوم رعایت مهلت مقرر، از متقاضیان خواسته‌اند اطلاعات و مدارک خود را دقیق وارد کنند و از تأخیر در تکمیل فرآیند ثبت‌نام بپرهیزند.
همچنین پذیرفته‌شدگان دوره‌های روزانه و آموزش رایگان آزمون دکتری سال ۱۴۰۵، چه در دانشگاه یا مؤسسه آموزش عالی محل قبولی ثبت‌نام کرده باشند و چه ثبت‌نام نکرده باشند، اجازه شرکت مجدد در آزمون سال ۱۴۰۶ را ندارند. این محدودیت بر اساس مقررات آموزشی و برای حفظ عدالت در رقابت آزمون‌های تحصیلات تکمیلی اعمال می‌شود.
دکتر علیرضا کریمیان، مدیرکل روابط عمومی سازمان سنجش آموزش کشور، اعلام کرد این گروه از پذیرفته‌شدگان برای شرکت مجدد در آزمون سال ۱۴۰۷ و سال‌های بعد باید شرایط و ضوابط مندرج در دفترچه راهنمای هر دوره را احراز کنند. داوطلبان دیگر نیز در صورت داشتن هرگونه پرسش، باید تنها به اطلاعات رسمی منتشرشده از سوی سازمان سنجش آموزش کشور مراجعه کنند.